2.有机生物地球化学

运用有机碳及其稳定同位素、化学生物标志物等多参数示踪方法研究大河影响下的陆架边缘海水体、颗粒物和沉积物中有机质的来源、分布、输运、埋藏、保存、再矿化等生物地球化学过程，以及特定微生物、浮游生物功能类群等在大河影响下的陆架边缘海有机生物地球化学过程中的作用，并利用化学生物标志物等重建气候变化和生态环境演变历史。

3.同位素地球化学

通过分析不同来源、不同半衰期核素（如U、Th、Ra、Pb、Cs、Be、K等）在水体、悬浮颗粒物上的时空变化规律及其在沉积物中的垂直分布特点，并借助同位素示踪模型，研究大河及其河口的同位素行为、水体停留时间和运移速率、不同时间尺度上的颗粒物运移和沉积物再悬浮混合过程、滨海海底地下水排放（SGD）等。

4.分子生物和分子生态学

利用分子生物学技术对中国近海常见赤潮藻和灾害性水母进行鉴定与定量分析，为常见海洋灾害的监测、预警提供必要的技术手段；以分子多态性和探针技术为基础，对赤潮生消过程进行系统的现场持续观测，研究重要赤潮生物的增殖基因、营养物质转运基因等的表达特征，探索赤潮发生的分子机制；以关键功能基因为切入点，研究滨海湿地、海底沉积物中微生物群落结构与功能，分析其种群结构与环境的关系，探讨控制其活性的环境因子，阐述微生物在生源要素生物地球化学循环中的重要作用。